Z powodu wścibskiego naukowca pingwiny muszą opuścić zoo. Aby uratować przed nim ogród, muszą zaufać lemurom. Stojąc na warcie Szeregowy zauważa orkę. Nikt mu jednak nie wierzy. Pingwin postanawia samotnie stanąć z nią do walki.
Król Julian karze Morta banicją za dotykanie jego stopy. Pingwiny podejmują próbę wyleczenia go z obsesji na punkcie królewskich stóp. Następnie walczą z lemurami o przejęcie sztandaru, jednak ekipa Skippera wciąż przegrywa.
Marlenka idzie na spotkanie z nowym zwierzęciem w zoo i znika. Pingwiny i lemury, które chcą ją odnaleźć również przepadają. Na posterunku zostaje tylko Kowalski. Julian trafia do szpitala, a władzę przejmuje Maurice.
Pingwiny stają do rywalizacji z lemurami. W swoich pojazdach mają ścigać się dookoła zoo. Zwycięzca wygrywa maszynę przegranego. Rico połyka tykającą bombę zegarową. Jego przyjaciele muszą znaleźć sposób, aby go uratować.
Pingwiny zamiast ryb dostają ciasteczka. Gdy sytuacja powtarza się kolejnego dnia - Skipper i jego podwładni postanawiają interweniować. Julian cieszy się, że w zoo przestało pachnieć rybami.
Skipper boi się igieł tak bardzo, że ucieka przed szczepieniem. Przyjaciele chcą mu pomóc przez to przejść, ponieważ inaczej będzie musiał on opuścić zoo. Następnie małpy wykorzystują zaćmienie Słońca, aby wmówić Julianowi, że bogowie są na niego źli.
Mort zostaje poddany działaniu superpromienia Kowalskiego. Staje się po tym duży i silny. Wówczas zaczyna odgrywać się na wszystkich, którzy mu dokuczali. Marlenka ma nową lokatorkę. Początkowo jest z tego powodu bardzo zadowolona.
Szczury terroryzują aligatora Ryśka. By się zemścić, pingwiny postanawiają zamienić jego mózg na mózg Rico. Do zoo wysłany zostaje robot, który przed wylotem w kosmos ma poznać zwyczaje lemurów.
Pingwiny zabierają Marlenkę na misję do parku. Wydra nie radzi sobie z wolnością i przeżywa szok. Kot Max ucieka przed złym weterynarzem. Prosi o pomoc pingwiny, które postanawiają go zakamuflować.
Rico znajduje w ciasteczku przerażająca wróżbę. Próbuje ją zignorować. Jednak Julian uważa, że musi się ona spełnić dla jego własnego dobra. Tymczasem do zoo przyjeżdża szympansica Lulu. Phil się w niej zakochuje, ale jej podoba Mason.
Z powodu wścibskiego naukowca pingwiny muszą opuścić zoo. Aby uratować przed nim ogród, muszą zaufać lemurom. Stojąc na warcie Szeregowy zauważa orkę. Nikt mu jednak nie wierzy. Pingwin postanawia samotnie stanąć z nią do walki.
Dziewczynka gubi w zoo lalkę. Rico postanawia oddać jej swoją. Szeregowy przekonuje go, że dobre uczynki wracają. Następnie pingwiny łapią szopa, który okrada mieszkańców zoo. Złodziej próbuje je przekonać, że robi to dla głodujących zwierząt z parku.
Powraca wielki wróg pingwinów. Doktor Bulgot postanawia wziąć odwet na nielotach. W ramach zemsty uprowadza króla Juliana. Skipper i jego zespół ruszają mu na ratunek. Ponadto muszą pokrzyżować niecne plany Bulgota, który zamierza zniszczyć całą planetę.
Julian jest zmartwiony faktem, że taniec pawianów podoba się widzom bardziej niż ten w jego wykonaniu. Przeprowadza próbę sabotażu. W zoo gaśnie światło. Julian przekonuje wszystkich, że powinni wrócić do 'praw dżungli'. Powoduje to chaos.
Skipper ma wypadek i trafia do weterynarza. Jego towarzysze myślą, że zmienił się w potwora. Teraz musi ich przekonać, że nim nie jest. Tymczasem do zoo przylatuje rój szerszeni. Pingwiny muszą znaleźć sposób, jak nie dać się pogryźć.
Skipper obrywa w głowę i nie może poprowadzić pingwinów na misję. Wszyscy członkowie drużyny chcą zająć jego miejsce. Szeregowy przypadkiem wypija serum prawdy i rozpowiada sekrety pingwinów całemu zoo. Ujawnia, że szpiegują swoich sąsiadów.
Alice mówi, że jeden z pingwinów jest samicą. Z tego powodu Skipper ma kryzys tożsamości. Marlenka przekonuje go, że wciąż może być szefem. Po kłótni z Philem Mason wprowadza się do pingwinów. Okazuje się bardzo męczącym gościem.
Kowalski tworzy żywego żelka, który zaczyna kraść owoce. Pingwiny muszą się go pozbyć. Ludzie zamiast odwiedzać zoo wolą oglądać telewizję, pingwiny muszą więc jakoś zareklamować zoo.